La ictiofauna continental de la provincia de Cádiz está constituida por 18 especies, de las que 12
son autóctonas y cinco autóctonas estrictamente de agua dulce. Esto significa que más del 50% de las
especies de peces estrictamente dulceacuícolas que habitan la provincia son introducidas. Ello
contrasta con que de las cinco autóctonas tres son prácticamente endémicas de las cuencas gaditanas
(cachuelo, colmilleja y fartet serán descritas en un futuro próximo como nuevas especies para la
ciencia). Es decir, la ictiofauna gaditana posee un elevado grado de endemicidad y por tanto un valor
de conservación igualmente alto. Esto contrasta con la delicada situación que atraviesan estas mismas
especies. Considerados en conjunto, los cursos de agua que surcan la provincia de Cádiz poseen el
mayor valor de conservación, basado en los peces, de todos los de la mitad meridional de España. De
entre todos ellos destaca el Hozgarganta, que está considerado como el río mejor conservado de toda
España, en cuanto al valor de su ictiofauna se refiere.
La ictiofauna típica de un río gaditano estaría formada por tres especies: barbo, boga y cachuelo.
Estas especies se distribuyen de manera muy desigual a lo largo del curso de los ríos y dentro de tramos
específicos tienden a agruparse configurando distribuciones también heterogéneas. Las razones de esta
desigual distribución no son bien conocidas, si bien al menos parcialmente, pudieran estar relacionadas
con la degradación de los ríos por las actividades humanas.
Entre los peces gaditanos más amenazados se encuentra el fartet. Esta especie posee unos
requerimientos ecológicos muy estrictos que le obligan a ocupar ambientes muy precisos y escasos. En
apariencia esta especie, que necesita de medios acuáticos permanentes, no tolera bien la presencia de
otros peces por lo que está obligada a ocupar ambientes extremos donde no puede sobrevivir ninguna
otra especie. La conservación de los fartets ha de hacerse a la luz de esta circunstancia.
La ictiofauna que habitó en la antigua laguna de La Janda es hoy casi un enigma. Sin embargo, estudios
recientes han puesto de manifiesto que en el bajo Barbate aún existe una comunidad diversa y muy
productiva que apunta a que en La Janda podría haber existido una comunidad más rica aún y al menos
igualmente productiva. También los pequeños cursos de agua del entorno de Tarifa poseen una
ictiofauna peculiar, si bien muy amenazada por la fragilidad de estos pequeños ecosistemas.