La relevancia que en la actualidad se viene dando a la docencia en el ámbito universitario, las peculiaridades y dificultades que la enseñanza de la investigación tiene en el ámbito educativo, así como las cuestiones específicas, dilemas y retos que presenta la enseñanza de las metodologías de investigación en educación, representan una excelente oportunidad para reflexionar y valorar esta situación y dar respuesta a una serie de cuestiones suscitadas al respecto. Tomado como referente la Universidad de Huelva, los programas de doctorado en educación, y los cursos sobre metodologías de investigación, este trabajo recoge, por una parte, las opiniones de estudiantes y profesorado implicados en los cursos sobre metodología de la investigación en educación de cinco programas de doctorado ofertados durante el bienio 2005-07 y, por otra, analiza desde el punto de vista metodológico los contenidos de los cursos ofertados y los trabajos de investigación presentados por los estudiantes durante ese mismo periodo. Implicaciones para la enseñanza de las metodologías de investigación en el ámbito educativo se derivan del análisis realizado.